本室依据《木材科学与技术重点实验室开放研究基金管理办法》，实行“联合、开放、流动”的竞争机制，每年7月份，针对本室研究方向和任务，向全国30余家相关单位发布本室开放研究基金课题申请指南。主管部门中国林业科学研究院每年下拨给本室5万元人民币，依托单位木材工业研究所每年配套5万元人民币用于资助本室开放研究基金课题。

基金课题资助原则为优先支持具有原创性的理论、技术和方法研究；优先支持多学科的交叉渗透和有利于开展国际科技合作与交流的项目和优先支持青年科技骨干的申请。

基金课题的评审主要是采用同行专家评议，最终由室学术委员会评审确定应资助课题。课题资助强度为每项资助研究经费2万元，本室提供设备使用费2万元，每年约资助5个课题。